台灣基督長老教會是普世基督教會及改革宗教會大家庭的一份子。它的歷史根源可以上溯至1865年英國長老教會宣教師馬雅各醫生來台在南部及1872年加拿大長老教會宣教師馬偕牧師在北部所開展的宣教工作。1912年宣教師成立台灣大會，讓屬不同母會的南北大會可以共同討論事工。1951年召開會議議決成立今之台灣基督長老教會總會。
在無數宣教師的熱心事奉及本地傳道人與信徒的積極參與下，長老教會通過醫療、傳道、教育、社會服務等方式，一步步在全台灣各地立下教會的根基，並藉著小會、中會/族群區會、總會的設立，逐漸走向組織化、自主化的階段。
我教會經歷過滿清、日本、國民黨政權等不同外來政權的統治，仍以「焚而不燬」的精神見證著基督的主權。我們曾經面對過滿清時期的宣教困境及迫害，日治時代的皇民化運動和政教糾葛，以及國民黨政權時期的二二八事件、白色恐怖、美麗島事件等政治慘案。
1970年以來，面對台灣在內政外交上的危機和困境，以及台灣前途的問題，我們提出「中央民意代表全面改選」、「台灣前途應由台灣全體住民決定」、「促請政府使台灣成為一新而獨立的國家」、「台灣主權獨立」、「台灣有權加入聯合國」等歷史性的信仰宣言。在面對中國以2000多顆飛彈威脅台灣時，我教會仍堅定台灣主權不屬中國的立場，持續關心台灣前途。同時也透過積極關心生態環境保護、反核、女性意識、性別公義、人權等社會議題及關懷原住民、漁民、勞工、身心障礙等被社會忽視的群體來實踐上帝的愛與公義。正如台灣基督長老教會的信仰告白所宣示與確信：「教會是上帝百姓的團契，受召來宣揚耶穌基督的拯救，做和解的使者，是普世的，復釘根在本地，認同所有的住民，通過愛和受苦，來成做盼望的記號。」
台灣基督長老教會也和散佈世界各地的宣教團體及各國教會享有宣教合作的關係。我教會是普世教會協會（WCC）、普世改革宗教會聯盟（WCRC）、世界傳道會（CWM）、亞洲基督教協會（CCA）、世界基督徒學生聯盟（WSCF）、教會共同行動聯盟（ACT-Alliance）等世界教會組織的會員。我們是普世教會的一份子，和眾教會一起告白：「耶穌基督是救主，是上帝的兒子，是全世界及人類的盼望！」